Die Hauptorgel der St. Johanniskirche wurde 1954 und 1960 (Rückpositiv) durch die Göttinger Orgelbauwerkstatt Paul Ott erbaut. Sie galt zu ihrer Entstehungszeit als besondere Pionierleistung des Erbauers, der seinerseits hierdurch großes Ansehen in der Fachwelt erlangte. Das Besondere an diesem Projekt war die Rückbesinnung auf klassische Bauprinzipien und deren Anwendung. So war die große Orgel in St. Johannis eines der ersten vollmechanischen Instrumente seiner Größe, das im 20. Jahrhundert gebaut wurde. Bis heute unterstützen keinerlei elektrische oder pneumatische Einrichtungen die Funktion der Orgel (mit Ausnahme des Gebläses).
1999 bis 2000 unternahm die Kirchengemeinde St. Johannis ein bisher einmaliges Renovierungskonzept zum Erhalt des Instruments unter Einbindung eines Konzeptes zur behutsamen Erweiterung und klanglichen Verbesserung.
Nach qualitätvoller Ausführung dieser Arbeiten durch die Meisterwerkstatt Rudolf Janke steht der Johanniskirche heute eine der größten Orgeln im südlichen Niedersachsen zur Verfügung. Sie umfaßt 61 Register auf vier Manualen und Pedal. Obwohl die klangliche Heimat des Instrumentes nach wie vor in der Musik des Barock liegt, läßt sich nun auch eine breitere Spanne an Orgelliteratur in der Johanniskirche adäquat darstellen.
